Breve Enquadramento Histórico
Entre o final do século XV e o século XVI, as classes mais abastadas afastaram-se da parte baixa do Funchal, instalando-se na encosta da cidade, ao longo da então Ribeira Grande, também denominada Ribeira de São Francisco. Aí começaram a ser construídas as residências das famílias dos capitães do Funchal, tendo o 2.º capitão fixado residência nos Arrifes mais acima, onde se erigiu uma cruz e um convento para as suas filhas, da evocação de Santa Clara.
A importância da população aí residente fez com que fosse solicitada a criação de uma nova freguesia, tendo a autorização sido assinada a 20 de Julho de 1566 pelo cardeal D. Henrique. No entanto, o cabido da sé do Funchal não concordou em partilhar o espaço da sua freguesia, que pouco tempo antes havia sido partilhada com a freguesia de Santa Maria Maior. A ordem não foi implementada e a freguesia foi extinta a 3 de Março de 1579. Contudo, em breve teve que aceitar a partilha com as novas freguesias rurais de São Roque e de São Martinho em 1587, cujas populações tinham dificuldades de se deslocar ao centro do Funchal.
Assim, na sequência da emissão do alvará de 14 de Agosto de 1587, a freguesia de São Pedro foi reinstalada, inicialmente com sede na velha capela de São Pedro e São Paulo, fundada por João Gonçalves Zarco junto à ribeira. De imediato deu-se início à construção da nova igreja, numa zona mais alta, sob a direcção do mestre-de-obras reais Mateus Fernandes (III). Após a conclusão da nova igreja em 1595, a antiga capela passou a homenagear São Paulo. Em pouco tempo São Pedro passou a ser a freguesia mais populosa do Funchal e sede da principal burguesia insular, ocupando toda a parte alta da antiga freguesia da Sé, até ao Ribeiro Seco, a Ocidente e mesmo, parte da Rua da Carreira.